עלויות ראשוניות גבוהות יותר: בהשוואה לפאנלים סולאריים מסורתיים על הגג, לרעפים סולאריים יש לרוב עלויות השקעה ראשוניות גבוהות יותר.
יעילות אנרגטית נמוכה במעט: בדרך כלל, יעילות המרת האנרגיה של רעפים סולאריים עשויה להיות מעט נמוכה מזו של מודולים סולאריים סטנדרטיים.
מחסור בשירותי התקנה: נכון להיום, ישנן חברות מעטות יחסית המספקות שירותי התקנה של רעפים סולאריים, מה שעלול לגרום לאי נוחות מסוימת בתהליך ההתקנה.
